اگر چه مرجعيت زعيم و هوشيار وظيفه دارد در مقابل حكومت طاغوت ايستاده و در راه اصلاح يا اسقاط آن از بذل جان و مال و آبروي خويش دريغ ندارد و اين مطلب را نيز در طول حيات هزار ساله خود نشان داده است، اما اين وظيفه در مقابل حكومت اسلامي به گونه ديگري است. از آن‌جايي كه هدف از تشكيل حكومت اسلامي عملي كردن اسلام در سطح جامعه است، لذا نحوه انتقاد و اعتراض مرجعيت در برابر اشتباهات احتمالي حكومت، قطعا نبايد به گونه‌اي باشد كه اصل نظام مورد آسيب قرار گيرد. آنچه كه در شرايط كنوني از مراجع بزرگوار تقليد حاضر در حكومت جمهوري اسلامي ايران نيز مي‌بينيم، بدون شك بايد مبتني بر همين اصل باشد. اما براي روشن شدن مطلب كافي است به رابطه بين شكوه مرجعيت شيعه مرحوم ميرزاي شيرازي قدس الله نفسه الزكيه با پادشاه وقت ايران ناصرالدين شاه توجه نماييم. خلاصه ماجرا از آن قرار است كه مرحوم سيد جمال الدين اسدآبادي به علت ظلم و ستم‌هاي ناصرالدين شاه و نيز عياشي‌هاي وي قصد انجام كودتا را عليه شاه مي‌گيرد و در اين راه از مرحوم ميرزا ياري مي‌خواهد. اما ميرزا با اين كه حتي قدرت عزل ناصرالدين شاه را داشت، از اساس با اين كار مخالفت مي‌كرد. اينك شرح ماجرا از زبان آيت‌الله سيد رضي شيرازي حفظه الله نجل جليل مرحوم ميرزاي شيرازي رحمه الله كه در مجله حوزه شماره 50 و 51 در سال 1371 به چاپ رسيده است:

شيخ عبدالنبي نوري(ره) از شاگردان ميرزا بود. وي از سامرا از طريق ترکيه به مکه مشرف مي‌شود، در بازگشت به استانبول که مي‌رسد، سيد جمال با خبر شده از وي ملاقات مي‌خواهد. ملاقات شكل مي‌گيرد و سيد در آن ملاقات به شيخ عبدالنبي مي‌گويد: «پيامي دارم براي ميرزا که مي‌خواهم به وسيله شما براي ايشان بفرستم. به ميرزا بگو ناصرالدين شاه فرد فاسدي است. او را ابتدا تکفير و سپس عزل کند.» شيخ مي‌گويد: «اگر ناصرالدين شاه را عزل کند، چه کسي به جاي او بيايد؟» سيد جمال پاسخ مي‌دهد: «خود من.» شيخ مي‌گويد: «با چه پشتوانه‌اي؟» و پاسخ مي‌شنود «به پشتوانه سلطان عبدالحميد!» شيخ با اين سخن سيد سخت مخالفت مي‌كند. بگو مگو بالا مي‌گيرد و در عين حال نتيجه‌اي نمي‌دهد. شيخ به سامرا که مي‌آيد، خدمت مرحوم ميرزا مي‌رود. جريان ملاقات با سيد را كه به ايشان عرض مي‌كند، ميرزا مي‌فرمايد: «شما چه جواب دادي؟» مي‌گويد: «مخالفت کردم.» مرحوم ميرزا مي‌گويد: «اگر موافقت کرده بودي رابطه من با تو قطع مي شد! مي‌داني اين پيشنهاد چه مفسده‌اي دارد؟ معنايش اين است که تنها کشور مستقل شيعه استقلال خودش را از دست بدهد و تبعه دولت عثماني شود. اين به مصلحت نيست. اگر ما ناصرالدين شاه را عزل نمي‌کنيم، به خاطر حفظ همين ظاهرها است.»

مرحوم سيدجمال يك بار هم در زمان مرحوم ميرزا به سامرا آمد و از ميرزا وقت ملاقات خواست. ميرزا به او وقت ملاقات نداد. سيد جمال الدين دو نامه به ميرزا مي‌نويسد، اما ميرزا پاسخي به آن‌ها نمي‌دهد. تا اين كه سيد جمال از ديوار خانه ميرزا بالا مي‌رود و وارد اطاق وي مي‌شود و با او ملاقات مي‌نمايد! اما با وي سخت مخالفت مي‌شود.

سيد رضي شيرازي مي‌گويد: «من قبل از اين که ماجراهاي فوق را بشنوم، اين مساله در ذهنم بود که چرا مرحوم ميرزا در تلگراف‌هايش به ناصرالدين شاه تعبيرات محترمانه‌اي به کار مي‌برد و با القاب زيادي وي را مورد خطاب قرار مي دهد. بعد فهميدم که سر اين مطلب چيست. ميرزا به خاطر حفظ موقعيت موجود و اين که کسي که بتواند در آن شرايط جانشين ناصرالدين شاه بشود و اين استقلال ظاهري را حفظ کند، وجود ندارد، صلاح نمي‌داند هيمنه ظاهري شاه را در هم بشکند. از اين روي در تعبيرات حتي به مانند يک رعيت با ناصرالدين شاه برخورد مي کند!»

اكنون وظيفه مرجعيت در قبال حكومت اسلامي و شيعي ولو به ظاهر، كاملا مشخص مي‌شود. در جايي كه رئيس حكومت يك پادشاه ديكتاتور فاسد و عياش است و حكومت وي به واقع تنها نامي از شيعه را يدك مي‌كشد، مرجع تقليد زمان براي حفظ اصل همين حكومت به ظاهر شيعه با شاه با نرمي و انعطاف و در نهايت احتياط برخورد مي‌كند. حال مشخص است كه وظيفه مرجعيت در قبال حكومت جمهوري اسلامي فعلي چيست. اين در حالي است كه در راس اين حكومت، ولي فقيه قرار دارد كه مجتهدي است عادل و خود يك مرجع تقليد مي‌باشد و شكل حكومت نيز قطعا با مدل حكومتي آكنده از ظلم ناصرالدين شاه قاجار كاملا متفاوت است. بنابراين مرجعيت قهرا هر جا لازم ببيند، تذكرات لازم و نظرات پيشنهادي را به حاكم جامعه اسلامي اگر چه ولي فقيه باشد، مي‌دهد؛ اما حتما اين كار را به صورت غير علني و يا به هر حال با رعايت احتياط كامل انجام مي‌دهد تا مبادا اصل نظام در تنها حكومت مستقل شيعي موجود در جهان كنوني خدشه‌دار شود.